Thème : Manipulation et traitement des données de grandes tailles : Principes et techniques face aux -omics
1ère Edition, (Université de Parakou, Bénin
04 au 06 novembre 2020)

Contexte et justification

Avec l’avancée rapide des technologies de séquençage de haut débit dans les des sciences biologiques et connexes, les scientifiques sont confrontés à un déluge de données extraordinairement volumineuses et complexes. Manipuler ces données et en extraire des informations utiles et applicables requiert de nouvelles approches et connaissances combinant les mathématiques, la modélisation et l’informatique. La bio-informatique est une discipline à l’interface de la biologie et de l’informatique, qui recouvre l’ensemble des technologies et des méthodes permettant de collecter, stocker, analyser et interpréter les informations biologiques de grande taille et à priori complexes. Elle trouve de nombreuses applications en médecine (identification d’anomalies moléculaires responsables de diverses pathologies), épidémiologie, en agroalimentaire (optimisation des microorganismes pour améliorer les valeurs nutritionnelles et organoleptiques des aliments), en gestion de la biodiversité, des espaces agricoles (la gestion des maladies et des ravageurs) et autres. Cette formation vise à créer un cadre d’échange sur les développements récents en matière de bio-informatique, et de fournir aux participants les principes de base et les applications diverses de la bio-informatique sur divers plans.


Lieu, période et coûts : Université de Parakou (Bénin), du 04 au 06 novembre 2020. Les frais de formations s’élèvent à 25 000 fcfa par participant, comprenant la participation à toutes les séances, les pauses cafés et déjeuners.

Thèmes à aborder :
• L’introduction aux techniques de séquençage de masse (ou séquençage à haut débit),
• Les types de technologies de séquençage et leur fonctionnement (PacBio et Illumina)
• La recherche de similarité et ses applications,
• L'annotation des motifs fonctionnels,
• Les alignements multiples et leurs applications,
• Les bases de données nucléotidiques et protéomiques: présentation et utilisation
• L’analyse et le traitement des données issues de metabarcoding des sols forestiers et agricoles
• L’évaluation rapide de la biodiversité contenue dans les échantillons environnementaux (air, sol, eau, crottes, poussières…)

Groupes cibles : Enseignant-chercheurs, doctorants, étudiants, professionnels des sciences biologiques, écologiques, médicales, pharmaceutiques, agronomiques.

Déroulement de la formation

La formation est assurée par l’Unité de Recherche en Mycologie Tropicale et Interactions Plantes-Microbes du Sol (MyTIPS, responsable Prof. Dr. Nourou S. Yorou), du Laboratoire d’Ecologie Botanique et Biologie végétale (LEB), Université de Parakou (Bénin). La formation sera principalement animée par Prof. Nourou S. Yorou (mycologue) et Dr. Dominique Koua, PhD en bio-informatique, Expert en analyse de données transcriptomiques NGS, Consultant international, Enseignant-Chercheur à l’Institut National Polytechnique de Yamoussoukro, Côte d'Ivoire. Des cas pratiques portant sur les données issues des échantillons environnementaux générées au sein de MyTIPS sont prévus. Les participants désireux d’échanger sur les techniques d’analyse de leur données sont priés de venir avec ces données.  


Dates limites : 30 Septembre 2020


Contact : MyTIPS/LEB/FA/UP, Tel. +229 94243866 / +229 62594676

Email. nourou.yorou@fa-up.org, n.s.yorou@gmail.com , yorou2001@yahoo.fr 
http://mytips.leb-up.org/